毀滅和掩蓋證據
在一九四五年九月二日於東京灣正式簽署投降之前，大部分所陳述的暴行證據，都被當時日本政府毀滅和掩蓋了。大量的記錄有關日本領導人，其中包括天皇的戰爭罪行和戰爭責任，已被燒毀。日本帝國陸軍、海軍，幾乎所有的政府部門的罪證檔案都俱摧毀了[注十六]。
按東京國際軍事法庭審判的文件，「當日本已經明顯將被迫投降，它以組織性的努力，焚燒及銷毀所有文檔物證和其他關於虐待戰俘和平民囚犯證據。日本戰爭部長大臣於一九四五年八月十四日發佈命令給陸軍司令部應立即燒毀所有的機密文件。就在同一天，日本憲兵隊（Kempeitai）指揮官發出詳細指令到各個憲兵總部，要用有效的方法燒毀大量檔案」[注十七]。
以系統性破壞有關戰爭的記錄，好讓日本歷屆政府拒絕承認日本的戰爭罪行和責任。當戰後的日本一再否認戰爭罪行的責任，它也破壞其作為一個民族聲稱促進和平和人權信譽。由於日本否認其戰爭罪行，它仍然繼續傷害那些受害國家就像撒鹽在還流血傷口上。
戰後的人權問題
侵犯人權的犯罪分子，如果否認罪行或不肯表示悔恨其罪，都等於認同自己歷史上違逆人權的暴行。這認同是一種默默踐踏人權的方式，因為預設侵犯人權的行為，就是以為自己沒有什麼錯，是對所犯的罪行逃避責任。因此，一個國家的戰犯如果犯了侵犯人權罪，這國家必須代表他們向受害者承認罪行並道歉，才能證明其民族是有榮譽和尊重人權的。
日本帝國政府及其軍隊犯了前面所提的戰爭罪行，毫無疑問是侵犯他人身體和精神，是殘害人權。更嚴重的是，當日本持續否認罪行及辯解這些事件時，它實在蔑視人權。因此，即使日本現在聲稱促進世界和平和人權，它的周邊國家，如中國和韓國，常質問日本對人權的誠意何在？為了啟動和好進程，日本政府，包括國會或議會，應當對受害的國家作一個全體正式公開道歉。
然而藉著種種政治干預，戰後日本仍在蔑視人權，拒絕作出道歉，也拒絕履行和好的要求。
1. 裕仁天皇擺脫法院公審
赫伯特(Herbert P. Bix)教授研究指出，戰時一九三七至一九四五年之間，日本裕仁天皇是日本帝國軍隊的最高統帥，深入參與軍事侵略的日常管理。在帝國總部[注十八]，通過各御前會議，他參加策劃所有軍事侵略，實際指導戰爭的進展。
但是，盟軍最高統帥，麥克亞瑟將軍(General Douglas MacArthur)反對任何公審裕仁天皇作為戰犯的計畫。麥克亞瑟認為，如果天皇被起訴而定罪為戰犯，其管理戰敗的日本將變得極困難。似乎只有當天皇與佔領盟軍合作，麥克亞瑟才能控制日本。這建議得到了杜魯門總統的支持，因此僅僅以政治利益為理由，日本首席罪魁逃脫了被控告。麥克亞瑟還免除刑事檢控所有捲入戰爭的日本皇室諸位親王，如秩父宮雍仁親王，朝香宮鳩彥王，竹田宮恆德王，和東久邇宮稔彥王。由於包庇裕仁天皇被起訴，美國奠定了方便日本拒絕承認其戰爭罪感和戰爭罪行基礎。
這事件的邏輯推理必然就是：如果佔領盟軍拒絕起訴裕仁天皇作為戰犯，那麼很多日本人會認為他是無辜。從這推斷，邏輯結論就是：如果作為民族代表的天皇，已被裁定無辜，那麼日本這國家，也自然免了戰爭的罪行。
真相是，麥克亞瑟姑息了日本天皇及政府的罪惡，等同默認這些罪惡是正確的，亦即認為殘害人權是無罪的。
2. 大部份殺人戰犯被免罪責
東京，盟軍成立了遠東國際軍事法庭（IMTFE）為審判日本戰犯嫌疑人。從幾百人被告名單裏，只有二十五位實際上經過審判而被判刑。執行了七位被判死刑，另十八位獲得監獄服刑代替死刑。在執行這七位「甲級」戰犯服刑後，一九四八年十二月麥克亞瑟將軍釋放被拘留的「甲級」戰犯。到一九五八年底，所有日本戰犯，包括「甲級」、「乙級」和「丙級」，都從監獄釋放，全部得到政治上平反其罪行。
關於日軍七三一部隊，那些軍人對活的戰俘進行生物實驗的，也逃脫起訴，因為麥克亞瑟將軍期望他們獻給美軍高級生物及化學戰的研究。麥克亞瑟給予對日本七三一部隊指揮官與生物單位工作人員起訴豁免權，以換取他們的研究。
德國在戰後，展開了密集的反納粹化過程，前納粹分子被阻止進入議會或當官。但是美國卻允許日本戰犯進入議會，並在政府機構工作。在這些曾被定罪為「甲級」的日本戰犯，還能夠在一九五七年當日本首相。另外，戰後日本政府內閣，也有兩個「甲級」戰犯擔任部長職位。戰爭期間當過外相的重光葵，在戰後的鳩山政府裏得到重新任用。興教卡亞是戰時財政部長，戰後在池田勇人的政府當司法部長。
3. 已故的戰犯供奉靖國神社，獲得榮譽、崇拜和尊敬
靖國神社是由明治天皇創立於一八六八年來紀念對日本帝國有功人物。現今列在神社的名單有二百四十六萬六千五百三十二男女和兒童，包括一千零六十八名戰犯，其中十四名是「甲級」的罪犯。實質上，日本領導者毫無忌憚參拜靖國神社就引起過去侵略壓迫亞洲國家的紛紛批評與譴責。
最後在一九五八年假釋所有監牢中的戰犯，同時在一九五九年，衛生和福利部開始遞交靖國神社「乙級」和「丙級」戰犯名單。到了一九六六年，神社也被提供十四個最突出的「甲級」戰犯，其中包括戰爭期間的總理和高級將領，並在一九七○年間神社通過決議供奉這些人。神社大祭司，頭長吉松平，違抗了東京戰犯法庭的判決，並在一九七八年用隱蔽儀式供奉「甲級」戰犯。
靖國神社博物館和網站竟然怙惡不俊的批評美國，辯解日本之所以發動戰爭攻擊美國，是因為受到美國的「逼迫」，而且又聲稱日本發動戰爭，源於建立「大東亞共榮圈」(The Greater East Asia Co-Prosperity Sphere)的理想[注十九]。這種口蜜腹劍的花言巧語，仍在追隨戰時政權所創的侵略藉口，及其意識形態和宣傳。
日本國會圖書館在二○○七年三月二十九日，發佈了一本檔案名為「對關於參拜靖國神社問題的新編材料」，披露有八百零八項，其中包括近一百八十件檔案是神社第一次揭發的。在這些檔案中，列出從一九六九年一月三十一日起，靖國神社官員與衛生和福利部人員之間的會議，討論誰能夠供奉在靖國神社內。該檔案指出，靖國神社與衛生和福利部共同認為「甲級」戰犯應受到尊榮。據該檔案，日本政府直接參與及影響供奉戰犯。它又證明了安倍晉三首相欺騙全世界，他曾否認日本政府對於誰會被供奉有發言權。
自從一九七五年以來，日本政界包括首相和其他內閣成員繼續參拜靖國神社。在一九七五年八月十五日，日本紀念第二次世界大戰結束的那一天，當時的首相三木武夫，以非政治的身份來參拜靖國神社。第二年，他的繼任者福田赳夫，也用非政治身份參拜了靖國神社，但他以日本首相簽署在留言簿上。其他幾個日本首相，如大平正芳（一九七九年），鈴木善幸（一九八○年，一九八一年，一九八二年），中曾根康弘（一九八三年，一九八五年，並以政府資金支付該提供的花），宮澤喜一（一九九二年，秘密保持直到一九九六年），橋本龍太郎（一九九六年），和小泉純一郎（二○○一年、二○○二年、二○○三年、二○○四年、二○○五年、二○○六年），都參拜了靖國神社。自一九八五年開始，每位日本首相參拜靖國神社就招致鄰國的官方譴責，因視為日方企圖合法化過去的軍國主義。
4. 沒有正式道歉
因美國領導的盟國不願公審裕仁天皇作為戰犯，許多日本人認為，作為一個國家民族他們對戰爭罪行是不需負責的。把全盤日本侵略和戰爭罪行，都歸咎於背叛了天皇和人民的日本軍隊。因此，日本政府不承認日本在戰時有違反國際法或條約。多年來，日本政府只正式承認其軍隊所造成的痛苦，因此日本政府也發出過一些道歉，但其道歉是有限地承認軍隊的罪行，卻不代表國家及議會。對受害國家，日本政府及其議會一直沒有作為國家民族的公開道歉。
村山富市首相是唯一不屬右翼自民黨首相，他公開於一九九五年八月表示，日本「通過殖民統治和侵略，造成了許多國家人民的巨大損害和痛苦，特別是亞洲的國家」，並表示他的「深刻反省的感情」，並說明他的「由衷的歉意」[注二十]。
然而，村山富市的道歉卻是個人的，因為他沒有正式地或以官方身份來作道歉並無法推進「不戰決議」。只有百分之二十六的國會議員支持此決議而百分之四十七竟反對。這項村山富市的道歉顯然不受到廣大日本政府官員的贊成。
迄今為止，廣大幸存者或遇難者家屬認為來自日本政府的道歉是不恰當，只是一種象徵性的表示。在二○○六年十月，當安倍晉三首相發表為日本殖民統治和侵略所造成的損失道歉，同一時間，有八十位議員從他執政的自民黨參拜靖國神社。
戰爭時期受害者都相信日本的道歉既不是以國家層面作出也不是真誠的，因為道歉只是在個人層面提出，而且日本官員還繼續參拜靖國神社，紀念犯下嚴重殘害人類罪行的戰犯[注二十一]。
5. 拒絕承認日本的戰爭罪責
以下是日本各高級官員的評論：
1) 長野繁，日本的司法部長(一九九四年)說：「太平洋戰爭是解放戰爭……」。
2) 聲明「太平洋戰爭是一場解放被殖民的亞洲戰爭」的一項決議，由自由民主黨的二百二十一名成員年於一九九五年在日本國會通過。自民黨亦長期在國會佔主導地位。
3) 一名高級日本執政的自民黨員法政野呂田在二○○一年說：「因美國石油和其他禁運日本被迫戰爭」。
4) 備受爭議日本電影「默迪卡」(Merdeka)的製片人加瀨英明，在二○○一年說：「日本被迫進入二戰為從西方殖民主義的枷鎖中解放亞洲」。
6. 否認暴行
以下是日本的高級官員或著名知識份子的語錄：
1) 石原慎太郎，前日本內閣部長，在一九九○年十月接受採訪時，說：「南京大屠殺是一個中國編的謊言」。
2) 長野繁，日本司法部長，在一九九四年說：「……南京大屠殺是捏造的」。
3) 藤岡信捷，東京大學教育教授，在一九九七年說：「美國人戰後把日本洗腦後來相信他們犯下了可怕的戰爭罪行」。
4) 鷲尾英一郎，與一批日本政治家否認發生在一九三七年的南京大屠殺，說：「我們要傳給年輕人真實歷史。我們必須對著世界其他地區打這種資訊化戰爭」。
5) 梶山弘志，日本內閣官房長官在一九九七年說：「被日軍妓院徵召的外籍『慰安婦』本是妓女」。。
[注十六] Edward Drea, Greg Bradsher and others, Researching Japanese War Crimes Records Introductory Essays, pub. National Archives and Records Administration Nazi War Crimes and Japanese Imperial Government Records Interagency Working Group, Washington DC.2006 p.9-10.
[注十七] Burning of Confidential Documents by Japanese Government, case no.43, serial 2, International Prosecution Section vol. 8; Patrick Clancey, ed. (1948-11-01), “Judgment, International Military Tribunal for the Far East”, Hyperwar, a hypertext history of the Second World War, 1948, p.1135.
[注十八] Herbert P. Bix “Hirohito and the Making of Modern Japan” (Harper Collins 2000),p. 327, 329-331, 359, and 387-391.
[注十九] Eri Hotta, Pan-Asianism and Japan’s war 1931-1945. Palgrave Macmillan, 2007.
[注二十] Statement by Prime Minister Tomiichi Murayama “On the occasion of the 50th anniversary of the war’s end” (15 August 1995), Ministry of Foreign Affairs of Japan. http://www.mofa.go.jp/announce/press/pm/murayama/9508.html.
[注二十一] “PBS. Online NewsHour: I’m Sorry - December 1, 1998”.
